سیلیکات طبیعی حاوی زیرکون ZrSiO4 زیرکون (زیرکون) یا سنبل (سنبل) نامیده می شود که به طور گسترده در طبیعت پراکنده شده است، با انواع رنگ های زیبا از نارنجی تا قرمز، از زمان های قدیم به عنوان یک سنگ قیمتی شناخته می شود، گفته می شود که کلمه زیرکون آمده است. از کلمه عربی Zarqūn که سینابر است و همچنین گفته می شود از کلمه فارسی زرگون که طلا است و سنبل از کلمه یونانی "سوسن" آمده است و کشور جزیره ای سریلانکا در اقیانوس هند است. سرشار از زیرکون سنگ های قیمتی حاوی زیرکونیوم به عنوان نوعی زیرکون از زمان های قدیم شناخته شده اند.
در سال 1789، MHKlaproth آلمانی دریافت که وقتی زیرکون را مطالعه کرد، یوتکتیک با هیدروکسید سدیم بود، مایع خنک کننده با اسید کلریدریک حل شد، کربنات پتاسیم به محلول اضافه شد، رسوب فیلتر و تمیز شد، و سپس رسوب به صورت همزمان انجام شد. با اسید سولفوریک جوشانده شد و سپس اکسید سیلیکون صاف شد و کلسیم، منیزیم، اکسید آلومینیوم که یافت نشد، پس از افزودن کربنات پتاسیم به محلول رسوب کرد، این رسوب مانند آلومینا در لیمو حل نشد. و همچنین با اسید مانند اکسید منیزیم برهمکنش نداشت، کلاپروت معتقد بود که این رسوب با اکسیدهای قبلاً شناخته شده متفاوت است و از زیرکونرد (زیرکونیوم، آلمانی) تشکیل شده است، و به زودی شیمیدان فرانسوی دو مورو و واکلین صحت MH را تأیید کردند. در تحلیل کلاپروت، نام لاتین عنصر زیرکونیوم است و نماد آن Zr است که در زبان چینی زیرکونیوم ترجمه شده است.
در سال 1808، H.Davy بریتانیایی از جریان الکتریکی برای تجزیه ترکیبات زیرکونیوم استفاده کرد، بدون موفقیت، در سال 1824، JJ Berzelius سوئدی برای اولین بار از پتاسیم برای کاهش K2ZrF6 برای تولید فلز زیرکونیوم استفاده کرد، اما به اندازه کافی خالص نبود، فرمول واکنش این بود: K2ZrF{ {5}}K=Zr + 6KF، این واکنش همچنین میتواند از Na به عنوان یک عامل کاهنده استفاده شود، تا اینکه در سال 1914، دو محقق لیلی و هام در کارخانه تولید لامپ داغ سفید فلزی در بروگر هلند از تتراکلرید زیرکونیوم بی آب و فلز سدیم اضافی در یک توپ خالی استفاده کرد که با جریان الکتریکی در دمای 500 درجه حرارت داده شد و فلز زیرکونیوم خالص به دست آمد.
زیرکونیوم کاملا خالص تنها در سال 1925 توسط شیمیدانان هلندی آنتون ادوارد ون آرکل و یان هندریک دی بوئر با تجزیه زیرکونیوم تترایدید (ZrI4) تولید شد. زیرکونیوم با حرارت دادن تتراکلرید زیرکونیوم با منیزیم به مقدار زیاد تولید می شود.